Die Epithelzellen des Thymus (TEC) lehren den dort entstehenden T-Zellen, zum einen die körpereigenen Varianten des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) zu erkennen (kortikale TEC) und die körpereigenen Proteine zu ignorieren (medulläre TEC). In diesem Projekt wurden zwei Entwicklungsstadien der medullären TEC sortiert, um daraus mRNA zu isolieren. Diese wurde auf die Expression von bestimmten Enzymen analysiert, welche posttranslationale Veränderungen von Proteinen katalysieren.

In den folgenden Abbildungen ist die Gating-Strategie zur Identifikation der TEC dargestellt. In (A) wurden zunächst die größeren, lebenden Zellen markiert. Von diesen ausgehend wurden Dupletten (zusammenhängende Zellen) ausgeschlossen (B) und der Anteil der TEC als EpCAM-positive und CD45-negative Zellen bestimmt.

Der Anteil der TEC direkt nach Isolation der Einzelzellen aus dem Thymus beträgt ungefähr 3-4% (C). Durch die Depletion CD45-positver Zellen mittels magnetischer Zellsortierung konnte dieser Anteil fast verzehnfacht werden (D). Das bedeutet zugleich eine zehnfach kürzer Zeit für die Sortierung am BD FACS Aria II, damit weniger Stress für die Zellen und eine höhere Viabilität der Zellen nach dem Sort.

Mit dem FACS Aria II wurden nun reife und unreife medulläre TEC sortiert: