Jedes magnetische Capture Bead hat:

1. eine universelle Illumina Adapter-Sequenz (Univ) für die nachfolgende Sequenzierung mittels einer Illumina-Plattform,
2. den Barcode bestehend aus
   - Bead-spezifischem Cell label (CL), welche die Zuordnung pro Zelle ermöglicht und
   - Unique molecular index (UMI), eine Sequenz, die das gebundene mRNA-Molekül definiert
3. eine Oligo-d(T)-Sequenz, an der die mRNA-Moleküle binden.

Im Idealfall werden in einem Mikrowell der Kartusche EINE Zelle und EIN Bead vereinzelt. Nach Lyse der Zellen binden die mRNA-Moleküle über die dT-Oligos an das Bead. Die Beads werden entfernt, und die daran gebundene mRNA wird an den Beads revers transkribiert. Die synthetisierte cDNA kann dann Target-spezifisch oder unspezifisch über random primer amplifiziert werden. Es entstehen mehrere NGS-Libraries, deren Sequenzierung außer Haus erfolgt.

Mithilfe der sogenannten Sample Tags können bis zu 12 Proben in einer Kartusche, also in einer Library vereint, simultan barcodiert werden.
Diese Technologie basiert auf einem Antikörper, der gegen ein universell exprimiertes Oberflächenprotein (human und murin) gerichtet ist, und mit einem von 12 unterschiedlichen Barcodes konjugiert ist. Flankiert wird diese Sequenz von einem PCR handle und poly(A)-Schwanz, der an freie Olido-d(T)s der Capture Beads binden kann.

Die Proben inkubieren mit den Sample tags und werden dann gepoolt dem Rhapsody-Protokoll zugeführt. Dabei werden die Zellen lysiert, sodass frei werdende mRNA und die Sample tags an den Beads binden. Somit können über verschiedene PCRs die Informationen (mRNA und Sample tag) amplifiziert und die jeweilige NGS-Library generiert werden.

Die BD AbSeq-Technologie ermöglicht die hoch-dimensionale Untersuchung der Protein- und mRNA-Expression auf Einzelzellniveau.
Das Prinzip basiert, ähnlich wir die Sample tags, auf Antikörpern, die mit einem Antikörper-spezifischen Barcode konjugiert sind. Die Antikörper-Klone sind für die Durchflusszytometrie evaluiert und werden als fertig titrierte Panel angeboten.